Khi gia đình hoàng gia Bồ Đào Nha trở về Bồ Đào Nha năm 1821 sau khi vắng mặt 14 năm, Carlota Joaquina nhìn thấy một quốc gia đã thay đổi nhiều kể từ khi họ rời đi. Năm 1807, Bồ Đào Nha đã sống ổn định dưới chế độ chuyên chế.

Vua John VI sống ở Cung điện Bemposta và Nữ hoàng Carlota Joaquina ở Queluz. Mặc dù sống lặng lẽ, bà lại trở nên lập dị trong trang phục và hành vi. Tuy con trai cả của họ là Pedro, bỏ lại vị trí và danh hiệu nhiếp chính ở Brazil, cậu được tuyên bố và đăng quang vào ngày 1 tháng 12 năm 1822 với danh xưng Hoàng đế độc lập của vùng này. John VI từ chối chấp nhận điều này cho đến khi ông được thuyết phục bởi người Anh để chấp nhận việc này, ký kết vào tháng 8 năm 1825 Hiệp ước Rio de Janeiro mà ông và Carlota Joaquina được trao danh hiệu vinh dự của Hoàng đế và Hoàng hậu Brasil.[1] Ông mất vào tháng 3 năm 1826. Tuyên bố rằng đang bệnh, Carlota Joaquina từ chối đến thăm giường bệnh của ông và làm dấy lên tin đồn rằng chồng bà đã bị đầu độc bởi Hội Tam Điểm.